PDB蛋白质结构

PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,简称PDB)是美国Brookhaven国家实验室于1971年创建的，由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,简称RCSB)维护。和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。 PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。 其内容包括生物大分子的原子坐标、参考文献、1级和2级结构信息，也包括了晶体结构因数以及NMR实验数据，等。PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索，可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。 PDB数据库以文本文件的方式存放数据，每个分子各用一个独立的文件。早期的入口文件文件名后缀为“.pdb”，1997年以后每1种生物大分子有1组(3个)相关文件与之对应，它们是：全文文件“.full”(相当于原来的“.pdb”文件)、书目文件“.biblio”和图形文件“.gif”。可通过FTP下载PDB数据。 数据可通过相关三维立体结构显示软件进行查看、编辑，进一步用于研究。 可与CSD剑桥晶体结构数据库协同使用，参见：CSD剑桥晶体结构数据库